目前市场上冷库工程建造主要是氨和氟2种工质的制冷系统，虽然近些年有CO2制冷，但相对来说其市场应用及技术推广还未完全打开局面。国内主要还是以氨机和氟机两种制冷系统为主。
这两种工质的制冷系统可从经济性、节能性、安全性、自动化程度、系统复杂程度、后期扩展性、投资额和运行费用、施工难易度及工期、使用保养这多方面进行比较。
自动控制的氟并联机组制冷系统和人工控制的氨机制冷系统比较，主要有以下几大突出优势：
1）氟并联机组制冷效率高，可保持恒运行，大大节约系统耗电，符合我国能源发展战略。
2）氟并联机组可以实现全自动控制，使系统运行高，更合理科学，同时降低系统操作和维护人工成本；
3）氟并联系统因采用R404A作为制冷剂，安全性要大于有毒，易爆的氨制冷剂，可有效确保系统内员工和周边居民的生命安全，避免恶性事故发生；
4）有关两个系统安全性对比和添加冷剂问题
从制冷剂的安全性上讲是不言而喻的。这里主要说一下泄露问题。氨系统因采用开启式连接，有联结轴，采用机械密封装置，泄漏是正常的，氨系统所用氨阀为盘根式密封或四氟圈密封，开关之后就会发生密封材料错位而从阀杆处泄漏，还有，氨系统每年要多次排放系统中的不凝性气体，这一操作导致直接排放掉大量的氨。因此系统每年需大量补充液氨。而目前我们采用的氟并联机组是半封机组，所有管道都是焊接成的。
5）其他
满液式氟并联机组制冷系统，采用氟泵供液，效率较干式系统高20%，达到效率。这样，氨系统具有的优势，氟系统也同样拥有。化霜采用独立热气化霜。自动化霜监控可做到每个库，每个风扇个别化霜。且不用像氨系统化霜那样需水辅助化霜。氟并联机组系统，正常只需2名兼职员工负责操作与维修。不需人工值守。而氨系统因是人工控制，需有人24小时值守，考虑四班三运转，至少也需6人。正常应该过10人。氟系统机房造价只有氨系统的30%以下，也可降低投资。氟并联机组系统的也比国产氨系统高，氟机很多部件都采用品牌，技术条件成熟。正常运行十年到十五年不需大修。而氨系统一般每两三年就要大修一次。影响正常生产，增加了维修费用有关投资和运行成本。
一般我们倾向于氟并联螺杆（或活塞）系统 桶泵机组 蒸发式冷凝器 风机或铝排 组成的制冷结构方式，建造大型冷库。
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